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1. 哺乳動物腸道細菌的群落與基因體研究：
取得小家鼠和高山田鼠的小腸、盲腸與大腸並分別建立其菌種之16S rDNA資料庫。最終取得並分析440條序列，包含小家鼠259條與高山田鼠181條序列，所得序列共可分成163個OTU，分屬7個門。覆蓋度分析顯示我們的研究法可以涵蓋78.18%的菌種。高山田鼠的菌相岐異度高於小家鼠。
2. 高山鼠科動物散播內生菌根菌之野外調查研究：
目前共收集253個樣品，分屬月鼠、赤鼠、鬼鼠、小黃腹鼠等。檢視各類鼠的排遺樣本的結果顯示，排遺中所含的叢枝菌根菌種類與老鼠本身無關， 但與各類鼠所生存之棲地有關。 排遺中所分離出的菌種包括Glomus pulvinatum, Glomus pasihalos, G. fasiculatum等三種最為普遍。合歡山所採集的高山白腹鼠的排遺中發現一種Endogone屬的新種。
3. 山區大型哺乳動物基因多樣性：以鹿科動物與長鬃山羊為例：
測試偶蹄目動物隨微體基因座引子跨種應用於水鹿與山羌的可行性，自相關文獻選出22組引子，有18組可自水鹿樣本中取得PCR產物，17組在山羌樣本中取得PCR產物。18組引子中有12組產生的產物為微隨體基因之序列，皆可由水鹿毛定出基因型。本研究篩選出可用於水鹿與山羌的引子，嘗試建立以排遺毛髮進行遺傳分析的方法。
4. 高山小型哺乳類(黑腹絨鼠與高山田鼠)之親緣地理學研究：
共捕獲黑腹絨鼠83隻，高山田鼠103隻。黑腹絨鼠可分兩核型群，差異於X染色體形狀，結果呈南北分群現象；DNA資料顯示cytb、IRBP及G6pd此三段不同基因資訊所建構的親緣關係樹型亦支持南北分群現象。黑腹絨鼠南北群親緣關係為monophyly，分化自同一祖先族群。高山田鼠核型並無任何染色體變異，以d-loop部分序列建構的親緣關係樹，結構上可分南北兩群，且相同採集點的個體自成小群，顯示高山田鼠不同山頂族群間可能受到隔離產生遺傳分化。
5. 台灣鳥類的海拔梯度適應與遺傳多樣性研究：以繡眼畫眉為例：
繡眼畫眉分布於海平面至海拔三千公尺以上山區，可能面臨極不均質的天擇壓力，適合作為檢驗台灣複雜多變的生態環境，促進物種分化作用的模式。現階段目標為開發適當的微衛星體遺傳標記，以供研究繡眼畫眉的遺傳分化。目前建立了600個DNA菌落，其中48個含有微衛星體序列，並從中設計了27對繡眼畫眉的專一性引子。結果有21對引子適用於繡眼畫眉。目前正著手以螢光標記的引子，進行多型性的測試。
6. 台灣山區溪流蛙類之生活史適應與基因多樣性研究：
於嘉義地區共設立7個不同海拔調查樣區，其海拔介於300至2,300公尺。結果共記錄有5種溪流蛙類，各樣區的種類數有隨海拔上升而減少的趨勢。盤古蟾蜍及梭德氏赤蛙的高海拔樣區雄蛙體型較小，但梭德氏赤蛙的高海拔樣區雌蛙體型較大。不同海拔樣區間的梭德氏赤蛙與盤古蟾蜍蝌蚪體型變異並不明顯。此外，本研究也對梭德氏赤蛙及盤古蟾蜍進行PCR增幅引子的交叉測試，並定序部份梭德氏赤蛙個體。
7. 山區溪流魚類生活史策略與保育遺傳研究：溪哥(鱲屬)魚類(Zacco spp.)的擾流適應行為：
已於基隆河、新店溪、大漢溪各挑選至少二個監測樣站。並已對大漢溪以及新店溪樣站以電漁法進行初步溪哥族群調查與微棲地資料蒐集。目前大漢溪八個樣點所捕獲之溪哥魚類以平頷鱲為主，而新店溪樣點所捕獲之溪哥魚類以粗首鱲為主。部分經由垂釣法採集之溪哥，則運送回動物園以循標準之人工圈養環境與流程，建立實驗族群。另已與臺大水工所研究人員合作，整理既有之環形水槽，作為後續於模擬環境下測試溪哥對流速適應能力的必要設施並已對7隻平頷鱲與4隻粗首鱲進行試驗。
8. 高山地區蜘蛛之絲基因多樣性研究：
目的之一為利用系統化及定量之採集法調查台灣高山及低海拔地區蜘蛛相，並以其形態特徵進行分類，建立台灣高山及低海拔地區之蜘蛛族群多樣性保育基礎資料。再依不同的主要棲地類型，比較蜘蛛族群聚結構之差異，探討其與不同地區之特殊氣候因子的關係。目的之二為藉比較台灣高山及低海拔地區之蜘蛛絲基因，探討高山地區之特殊氣候因子及地理阻隔模式如何影響絲基因之演化，並藉蜘蛛絲特性之分析比較嘗試了解不同高山地區蜘蛛絲基因之組成與結構和高山生態環境間之關聯為何。
9. 台灣山區森林性雙翅目昆蟲族群遺傳多樣性分析：以大果蠅種群為例：
已完成二個代表大果蠅種亞群的物種 (大果蠅和暗黑大果蠅) 的粒線體
COII 基因的遺傳多樣性和族群間基因交流的程度。
COII 基因的各種多型性指標都顯示暗黑大果蠅的變異比大果蠅高，且兩種果蠅變異較低的樣品都出現在北部族群，而變異較高的樣品出現在中部族群。暗黑大果蠅在臺灣各採樣點間幾乎沒有遺傳分化，即各採樣點有相當的基因交流，並沒有地理的阻隔。而大果蠅在各採樣點間，除了阿里山族群和其他族群間有較少的基因交流外，其他族群間並無明顯的遺傳分化。
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最後更新日期:2016-05-11