台灣山區哺乳動物腸道細菌的群落與基因體研究 (Ⅱ)

上半年度取得巢鼠與高山田鼠的小腸、大腸與盲腸三個部位，進行古生菌相的組成分析，所得共117條古生菌序列進行排比分析結果後，發現序列間的相似度均很高，且與NCBI的資料庫比對結果，顯示所有的序列均近似於同一個未知且無法培養的嗜中溫古生菌種(Crenarchaeota)，可能為新種。而腸道細菌相部份，在取得森鼠的小腸、大腸與盲腸三個部位後，進行細菌相組成分析，並比較不同部位所含的菌種組成，發現均以Proteobacteria與Firmicutes為主，但比例組成上則不同。本年度已完成小家鼠、高山田鼠與森鼠的16S rDNA clone library建立，並取得森鼠個體的大腸部位，進行菌種的TRFLP的酵素截切圖譜測試，配合已建立完成之森鼠腸道菌相的16S rDNA clone library，用以比較不同個體間，消化道菌種的組成差異。並選取出四種解析力較高之限制酵素: HaeIII、MseI、MspI與Taq I，以進行序列截切。並完成十隻森鼠個體之大腸部位的T-RFLP片段分析，初步結果可將序列歸屬於主要的六個菌門: 即Firmicutes、Proteobacteria、Deinococcus-Thermus、Verrucomicrobia、Cyanobacteria 與Actinobacteria，並可分屬於11大群的菌種。